Pramen řeky Trnavy nalezneme v Přírodním parku Polánka nedaleko Blaničky. Od pramene tok občas mizí pod travou či kmeny stromů. Pod soutokem obou zdrojnic se již jedná o poměrně výrazný tok, který je malebný a velmi čistý. Trnava poté teče zpravidla východním směrem a po zhruba 56 km ústí do Želivky v Želivi. Jedná se o největší přítok této řeky.